En esta obra, un ninja puede usar su chakra, un tipo de energía interna que proviene tanto de la fuerza física del cuerpo como de la experiencia del individuo, para realizar técnicas ninja. En estas, moldea o dirige el chakra de determinada forma para realizar una serie de ataques o movimientos. Esta energía fluye por una serie de canales dentro del cuerpo, que cuentan con nodos para interconectarse. A estos se los denomina puntos de chakra, y hay un total de 361 a lo largo y ancho de la anatomía de toda persona. Con técnicas ninja como el Byakugan se pueden ver estos puntos, y el fluir general del chakra.

Hay cinco tipos de naturaleza de chakra. Lo más habitual es que una persona cuente con sólo uno de ellos. Esto es algo hereditario y propio de cada persona, que no se elige voluntariamente. En el caso de que un ninja pertenezca a una familia que cuente con una técnica de línea sucesoria, puede llegar a tener hasta dos tipos de naturalezas de chakra. Estas son, junto a algunos ejemplos de usuarios:

• Fuego: Clan Uchiha.
• Rayo: Kakashi, Sasuke.
• Agua: Yamato, Haku, Kisame, Nidaime, Zabuza.
• Tierra: Yamato, Shodaime, Deidara.
• Viento: Asuma, Naruto, Temari.

Ejemplos de ninjas que combinan dos elementos, a todos ellos no le hace falta linea sucesoria porque solo es combinar el chakra

• Haku puede usar una técnica en la que combinaba agua y viento, creando hielo.
• Yamato y Shodaime pueden usar la técnica Mokuton, para crear madera. Combinan para ello agua y tierra.

Hay además técnicas que no dependen de los elementos, como las médicas.

Los tipos de chakras siguen un círculo de jerarquía, de tal forma que viento vence a rayo, fuego vence a viento, agua vence a fuego, tierra vence a agua, y rayo vence a tierra, lo que completa el círculo.
También pueden hacerse jutsus con diferente elemento, un ejemplo sería un Hyouton Bushin no Jutsu, combinando el agua con el viento se haría un clón de hielo o congelado.
Otro ejemplo en el anime es naruto, su elemento del viento le permité realizar la poderosa tecnica Fuuton Rasen Shuriken, que según el manga con ella vence a Kakuzu

COMBINACIONES

Suiton+Katon=Kemuriton(Humo)
Suiton+Doton=Mokuton(Madera)
Suiton+Fuuton=Hyoton(Hielo)
Doton+Fuuton=Kaze(Ventisca)